Synopsis

Deux années se sont écoulées depuis le raid de la GCC sur Anteiku. Bien que l'atmosphère de Tokyo ait radicalement changé en raison de l'influence croissante de la GCC, les goules continuent de poser problème car elles ont commencé à prendre des précautions, en particulier l'organisation terroriste Aogiri Tree, qui reconnaît la menace croissante que représente la GCC pour son existence. La création d'une équipe spéciale, connue sous le nom de Quinx Squad, pourrait donner à la GCC l'impulsion dont elle a besoin pour exterminer les résidents indésirables de Tokyo. En tant qu'humains ayant subi une opération chirurgicale afin d'utiliser les capacités spéciales des goules, ils participent aux opérations visant à éradiquer ces dangereuses créatures. Le chef de ce groupe, Haise Sasaki, est une personne mi-goule, mi-humaine qui a été entraînée par le célèbre enquêteur des classes spéciales, Kishou Arima. Cependant, ce jeune homme a plus d'un tour dans son sac, car des souvenirs inconnus s'emparent de son esprit, lui rappelant peu à peu la personne qu'il était auparavant.